Ifølge Utenriksdepartementet har de siden 1997 i økende grad forsøkt å benytte handlingsplanens midler til bygging av infrastruktur i Russland fordi landet mangler nødvendig utstyr og installasjoner for å transportere, behandle og lagre brukt uranbrensel og radioaktivt avfall. Slike materialer har hopet seg opp i nordområdene som følge av Russlands pågående opp­-hugging av utrangerte atomubåter.

Det at flere større investerings- og utviklingsprosjekter er forsinket eller har stoppet opp, forklarer departementet med at det fra norsk side er stilt krav til den russiske motpart som de ikke umiddelbart har kunnet akseptere eller innfri.

Utenriksdepartementet uttaler at inntrykket av at organiseringen av arbeidet med handlingsplanen bidrar til spredning av ansvar og uklare ansvarsforhold, henger sammen med den strukturen som er valgt for gjennomføringen av handlingsplanen. Departementet mottar for øvrig periodiske rapporter om prosjekter som administreres av andre, og vil nå foreta en kritisk gjennomgang av rapporteringsordningen og oppfølgingen av prosjektene, både for prosjekter som administreres av Utenriksdepartementet og av andre myndigheter. Departementet medgir at de har hatt manglende kapasitet til oppfølging og vurdering av prosjektrapporter. De mener likevel at sett i sammenheng med ressursene som er satt av fra Forsvarsdepartementet og Statens stråleverns side, som begge forvalter betydelige deler av handlingsplanens midler, utgjør det til sammen en ikke ubetydelig satsing. Det pekes også på at det har vært ønskelig at mest mulig av handlingsplanens midler skal gå til prosjektene og minst mulig til administrasjon og byråkrati.

Utenriksdepartementet er enig med Riksrevisjonen i at det bør utarbeides miljøkonsekvensanalyser av de mest omfattende prosjektene, og vil innføre dette. Departementet opplyser at russiske myndighetspersoner en rekke ganger har bekreftet at Russland vil gi sin tilslutning til Londonkonvensjonens forbud mot dumping av atomavfall til havs. Det er forventet at den endelige bekreftelse først vil komme når Russland annonserer sin beslutning under Londonkonvensjonens årsmøte.

Utenriksdepartementet er avslutningsvis enig med Riksrevisjonen om at prosjekter som har preg av grunnforskning, fortrinnsvis bør finansieres fra andre kilder enn handlingsplanen.