I vedtak 4. mai 1999 ba Stortinget om at det ble foretatt en utredning om hvorvidt enhetskvoteordninger kunne iverksettes for fartøy under 28 m. Fiskeridepartementet skisserte derfor i budsjettproposisjonen for 2000 ulike strukturvirkemidler overfor kystflåten. Dette har senere blitt fulgt opp ved fortsatt bruk av statlig finansierte kondemneringsordninger, det har blitt fulgt opp i arbeidet med utviklingen av reguleringssystemet, både av offentlige myndigheter og ved forslag fra organisasjonene i næringen, og det har blitt arbeidet for å utvikle spesielle kvoteordninger for kystflåten etter at saltvannsfiskeloven § 5a nå gir hjemmel for slike ordninger også for fartøy under 28 m.

Ulike strukturvirkemidler må sees i sammenheng for å realisere de fiskeripolitiske målsettingene, herunder hvordan de alminnelige reguleringstiltakene innvirker på strukturen i fiskeflåten. Arbeid med spesielle kvoteordninger, forslag om lukking av flere fiskerier for flere fartøygrupper og forslag om deling av grupper som hittil har vært samregulerte, må derfor sees i sammenheng med kondemneringsordninger. Enhetskvoteordningene innenfor havfiskeflåten er privatfinansierte struktur- og kondemneringsordninger som kan gi god effekt i grupper men få enheter. For kystflåten kan dette stille seg annerledes, også i de adgangsbegrensede gruppene. Et flertall av disse består av et såvidt stort antall fartøy, at det over en periode vil være grunn til å supplere både spesielle kvoteordninger og statlige kondemneringsordninger med ytterligere tiltak.

Forslaget om et strukturfond har også vært fremmet fra næringen. Landsmøtet i Norges Fiskarlag vedtok 14. oktober 2001 et forslag om å etablere et slikt strukturfond til kondemnering i fiskeflåten, som et tiltak for kapasitetstilpasning. Landsmøtet gikk inn for at næringen etablerer et slikt fond gjennom avgiftstrekk på flåteleddet, under forutsetning av at myndighetene stiller til disposisjon et minst like stort årlig beløp som det fiskerne selv genererer. Forslaget om et slikt strukturfond ble videre behandlet under forhandlingene om fiskeriavtalen for 2002.