Administrative hovedoppgaver er knyttet til informasjon og markedsføring av merkeordningen generelt, men også til rettledning av for eksempel produsenter som er interessert i å søke. Videre vil selve søknadsbehandlingen kreve administrative ressurser. Det samme vil høring og utarbeidelse av endelige produktspesifikasjoner. Videre skal merkebrukere formelt godkjennes og registreres. Videre oppfølging er knyttet til sekretariatsfunksjoner for kontroll med at produktforskriftene overholdes. Nødvendige funksjoner legges i størst mulig grad til eksisterende organer. Det foreslås at rammegivende forskrift skal forvaltes av Statens næringsmiddeltilsyn (SNT), som også fastsetter produktforskrifter. Søknadsbehandling, veiledning og tilsyn vil bli plassert i et kompetent, eksternt organ, og vil bli fastlagt i den rammegivende forskriften. Med basis i vedtatt rammeforskrift vil SNTs rolle være sammenlignbar med den rollen SNT i dag innehar i forhold til forvaltning av økologisk produksjon og stiftelsen Debio.

Fylkesmannen i Hordaland påpekte i sin høringsuttalelse at det må vurderes hvordan merkeordningen skal koordineres med arbeidet som gjøres innenfor Kvalitetssystemer i landbruket (KSL) og Stiftelsen Godt Norsk, noe departementet slutter seg til. Flere høringsinstanser har kommet med synspunkter angående merkeordningens administrasjon, og disse synspunktene vil bli medtatt i det videre arbeidet med etablering av ordningen.

En merkeordning vil ha en positiv virkning for produksjon og omsetning av jordbruksvarer, både for produkter som omfattes av merkeordningen og for ordinær produksjon og omsetning. Det legges opp til en modell med delt finansiering, henholdsvis basert på et spesielt gebyr på de produsentgrupper som søker merkeordningen og en kollektiv avgift på norskproduserte varer som hjemles i landbrukskvalitetsloven. Næringsmiddelavgiften skal ikke berøres. En avgift på alle landbruksprodukter, som en her tenker seg, vil gi et ubetydelig utslag på matprisene. Departementet vil sende forslag om en slik finansiering på høring og fremme forslag i St.prp. nr. 1 for (2001-2002).