Schengen-samarbeidet innebærer at den indre grensekontrollen er fjernet. Det er derfor innført en rekke såkalte kompenserende tiltak for blant annet å bedre politisamarbeidet mellom Schengen-landene. Det viktigste kompenserende tiltaket er opprettelsen av Schengen Informasjonssystem (SIS). Det er et felles etterlysningsregister, hvor det blant annet registreres varsler om personer som etterlyses for pågripelse/utlevering, savnede personer, vitner politiet ønsker å komme i kontakt med og personer som er uønsket i Schengen. Hoveddelen av registreringene gjelder gjenstander, som stjålne biler, id-dokumenter og våpen som skal beslaglegges.

Ifølge SIS-årsrapport for 2020 var det ved utgangen av 2020 registrert ca. 93 millioner varsler i SIS. Personer utgjorde 1 prosent (ca. 1 million). Halvparten av disse varslene var knyttet til personer fra tredjeland som er nektet innreise til Schengen-området. Den største kategorien av varsler er id-dokumenter, som utgjør 76 prosent av totalen. Norge har lagt inn 685 000 varsler i SIS, hvorav 17.500 gjelder personer. I 2020 ble det totalt lagt inn 2,3 millioner nye varsler i SIS, en økning på 3 prosent sammenlignet med 2019. Økningen er betydelig lavere enn trenden de siste årene.

I 2020 ble det gjort 3,7 milliarder søk i SIS-basen. Det er en nedgang på 44 prosent sammenlignet med 2019. Dette skyldes at covid-19 krisen har ført til færre grensekontroller, og at mange land har innført innreiserestriksjoner. Norge gjennomførte ca. 41 millioner søk i 2020, mens det i 2019 var ca. 91 millioner søk. I 2020 var det totalt 209 000 treff i SIS som ble meldt videre til SIRENE-kontorene (i Norge Kripos). Sammenlignet med 2019 er dette en nedgang på 26 prosent.

I årsrapporten omtales også viktige milepæler de siste årene:

• utplassering av Automated Fingerprint Identification System (AFIS) i mars 2018.
• vedtak av tre forordninger i desember 2018. Forordningen, omtalt som «SIS II recast», utvider anvendelsesområdet for SIS.
• arbeidet i forbindelse med at Storbritannia går ut av samarbeidet (Storbritannia var fortsatt med i SIS i 2020).

Det pekes på tre utfordringer framover:

• Irland og Kypros blir skal med i SIS-samarbeidet i 2021.
• avslutning av det 3-årige prosjektet med å gjennomføre «SIS II recast» i løpet av 2021, noe som i praksis blant annet innebærer at grensebyrået Frontex skal få tilgang til SIS, og at Europol og Eurojust får utvidet tilgang. «SIS II recast» gjelder gjennomføring av forordning 2018/1860, 2018/1861 og 2018/1862. De omhandler utvidet bruk av SIS for å bekjempe terrorisme, grensekryssende kriminalitet og ulovlig migrasjon. Det innføres flere varslingskategorier, og det åpnes for muligheten til å bruke ansiktsgjennkjenning og DNA-profiler i visse sammenhenger. Forordningene vil også gjelde for Norge (se regjeringens Schengen-notatbase).
• gjennomføring av «the new interoperable architecture» for justis- og innenriksfeltet.

«The landscape in which SIS operates will change», står det i årsrapporten, og viser til at Europakommisjonen i slutten av 2020 startet diskusjonen om Schengens framtid. I arbeidsprogrammet for 2021 varslet Kommisjonen at de ville legge fram en Schengen-pakke i fjerde kvartal. Den vil inneholde en ny strategi for Schengen-samarbeidet. Pakken vil også inneholde et forslag om revisjon av grenseforordningen.