Kontrollkomiteens oppgaver er å utøve den parlamentariske kontrollen over den virksomheten som finansieres over Nordisk ministerråds budsjett, inklusive de nordiske institusjonene, utføre særskilte kontrolloppgaver, kontrollere og godkjenne årsberetninger og revisjonsberetninger innen ministerrådets virksomhetsområde, samt granske Nordisk råds årsberetning og revisjonsberetning. Norsk medlem av komiteen har i perioden vært Sonja Mandt (A). Fra 1. januar 2012 har hun ledet komiteens arbeid.

En viktig oppgave for komiteen er å granske den danske riksrevisjonens beretninger over Nordisk ministerråds, Nordisk råds og Nordisk kulturfonds regnskaper. Kontrollkomiteen har kunnet konstatere at riksrevisjonen ikke har hatt vesentlige merknader til regnskapene.

Komiteen undersøkte i 2012 gjeldende regler for økonomisk støtte til nordiske partigrupperinger, og kom fram til at de bør presiseres for å skape fastere rammer for hvordan midlene kan anvendes, krav om bokføring, regnskap og økonomistyring, samt hvordan eventuelle overskuddsmidler kan avsettes eller tilbakeføres til Nordisk råd. Kontrollkomiteens forslag ble godkjent av Nordisk råds presidium og gjort gjeldende fra 1. januar 2013.

I 2011 igangsatte kontrollkomiteen en systematisk gjennomgang av nordiske institusjoner med sikte på å få innblikk i hvordan de skaper nordisk nytte. Denne virksomheten har fortsatt i 2013, og i mai besøkte komiteen Nordisk energiforskning, Nordforsk og Nordisk institutt for odontologiske materialer, alle lokalisert i Oslo. Det utarbeides en rapport etter hvert institusjonsbesøk, som eventuelt kan inneholde en kritiske merknader som komiteen mener vedkommende institusjon med fordel kan arbeide videre med.