Formålet med det parlamentariske østersjøsamarbeidet er å fremme den parlamentariske dialogen i østersjøregionen, samt påvirke regjeringene i utviklingen av østersjøsamarbeidet. Den første parlamentariske østersjøkonferansen ble holdt i 1991. Til konferansen blir 11 nasjonale parlament, 11 regionale parlament og fem internasjonale organisasjoner, samt en rekke NGO-er invitert. Den permanente komiteen er konferansens faste politiske organ og består av 10 parlamentarikere: 2 fra Nordisk Råd (de nordiske lands parlament er representert gjennom Nordisk Råd), Europaparlamentet 1, Baltisk forsamling 1, Tyskland 2, Polen 1, Russland 2 og 1 fra konferansen vertsland. Komiteen møtes 4 ganger pr år, og har som arbeidsoppgaver å forberede den årlige konferansen og følge opp den parlamentariske Østersjøkonferansens resolusjoner. En utvidet komité der samtlige deltakende parlament er med, møtes to ganger pr. år. Per Rune Henriksen har vært Stortingets representant i den utvidede komiteen, samt deltatt i den faste komiteens møter med observatørstatus.

Nordisk Råds presidium besluttet i 2009 at for fremtiden skal Rådets to representanter utses ifølge en rotasjon mellom landene og ikke mellom partigruppene.

Den 19. parlamentariske østersjøkonferansen ble avholdt i Mariehamn på Åland, 29.–31. august 2010. Fra Stortinget deltok Per Rune Henriksen (A), Torfinn Opheim (A), Sonja Mandt (A) og André Oktay Dahl (H)). For Nordisk Råd deltok Sonja Irene Sjøli (H).

Hovedtema for konferansen var effekter av klimaendringer og Østersjøen som et område for fred og sikkerhet. I tillegg redegjorde det norske formannskapet i Østersjørådet om regjeringenes samarbeid. Til konferansen ble det også gitt foreløpige rapporter fra to arbeidsgrupper om henholdsvis maritim politikk og sivil sikkerhet, særlig med vekt på trafficking. Stortinget er representert i de to arbeidsgruppene ved Ingebjørg Godskesen (FrP) fra transport- og kommunikasjonskomiteen og André Oktay Dahl (H) fra justiskomiteen. Sonja Mandt (A) fra helse- og omsorgskomiteen deltar som Nordisk Råds representant i arbeidsgruppen om sosial sikkerhet. Arbeidsgruppene vil sluttføre sitt arbeid fram mot konferansen i 2011.